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Amaya unterschied sich durch ihre Augen von allen anderen in ihrer Umgebung. Durch die Schwarzfärbung sah man sie gerne als böse an und so wurde sie von ihrer Familie nie wirklich akzeptiert. Lediglich ihre Mutter liebte sie über alles. Sie wurde hauptsächlich von dem Oberhaupt eines Hanamachi aufgezogen und sollte später selbst einmal eine Geisha werden.
Sie erbrachte gute Leistungen in der Schule und interessierte sich sehr für Kampfkünste.
Während sie sich zur Geisha ausbilden lassen musste, wollte sie mehr über ihren Vater erfahren, den sie nie kennen gelernt hatte. Bei ihrer Suche traf sie auf einen amerikanischen Soldaten namens Julian, dem sie näher kam und bald eine Beziehung mit ihm hatte. Er reichte für sie eine Bewerbung bei der US Air Force ein, die auch beantwortet wurde. Mit Julian reiste
sie nach Amerika und trat ihre Ausbildung an. Nach einiger Zeit trennte sie sich von dem Amerikaner und wurde nur kurz darauf auf das Stargateprogramm aufmerksam gemacht, dem sie auch ohne lange zu zögern beitrat. Später stellte sie einen Antrag, um nach Atlantis versetzt zu werden, welcher angenommen wurde.
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